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Nel 1485 una grave pestilenza colpì Palazzolo e la Quadra di Mura fu posta in quarantena.
In questa situazione maturò la decisione di edificare un oratorio a San Rocco, protettore dei malati di peste, nei pressi della chiesa di San Giovanni.
La cappella venne addossata al lato sud della chiesa tra la terza e la quarta lesena esterna, nell’area più elevata del piccolo cimitero di Mura. Si presentava come un oratorio rettangolare chiuso da tre lati e aperto ad ovest mediante un arco a sesto acuto che poggiava su due grosse mensole di pietra che fungevano da capitelli. L’arco fu rinforzato per mezzo di due tiranti in legno a bordi lavorati, uno dei quali tuttora visibile, mentre l’altro (scomparso) appoggiava direttamente sulle due grandi mensole di pietra. Al centro della parete est si trovava probabilmente un altare ligneo e accanto una piccola nicchia (ancora visibile) ricavata nella parete, che, in origine, aveva un basamento in pietra arenaria, sporgente dal muro per una trentina di centimetri, dotato di un foro al centro: si trattava forse di un “lavatoio” per le mani del sacerdote officiante oppure conteneva una cassetta per elemosine.
La cappella era probabilmente completata da un porticato aperto su tutti i lati, di cui si possono ancora vedere i resti dei pilastri, che dovevano reggere il tetto, addossati al corpo della chiesa.
La struttura originaria della cappella venne mantenuta e ben curata fino all’incirca al 1580, quando san Carlo Borromeo ordinò la chiusura dell’arco ogivale per mezzo di un muro di tamponamento; l’ordine venne adempiuto solo nel 1782 e nel muro di tamponamento vennero aperte due finestre con grata ai lati di una porta centrale che metteva in comunicazione l’antico cimitero con l’interno, dopo aver disceso due gradini in pietra di Sarnico. Si trasformò inoltre la cappella in una più funzionale sacrestia, poi sostituita dalla nuova sacrestia, aggiunta in un secondo tempo a nord. Un intervento che danneggiò l’impianto pittorico eseguito qualche anno dopo la costruzione della cappella; in particolare venne parzialmente mutilato il grande affresco della parete est per aprire una porta di accesso atta a collegare il basamento dell’antico campanile con la cappella stessa.
La chiesa di San Giovanni subì nel corso del XVIII secolo numerose trasformazioni architettoniche che sconvolsero gli equilibri statici degli antichi muri della chiesa e questo contribuì al peggioramento delle già precarie condizioni di conservazione della cappella; queste condizioni portarono nel 1966 alla decisione di intervenire con dei restauri.
Notevoli sono gli affreschi commissionati da alcuni abitanti di Mura che completano la cappella, risalenti al 1495, opera di almeno due autori (sconosciuti) vicini alle scuole dei Bembo e dei Da Cemmo, nonché alle tendenze di artisti locali, come il maestro di Martinengo.
L’affresco che occupa la parete centrale è di certo il più importante. Opera di un artista molto abile, esso raffigura una grande Madonna in trono con in braccio il Bambino, immersa in un paesaggio irreale. Alla sua sinistra, si trovano san Sebastiano (in ginocchio) e san Girolamo (in piedi), in abito cardinalizio, che tiene nella mano destra una chiesa, quasi sicuramente l’antica chiesa di Mura. Alla destra, si osservano san Rocco, inginocchiato in preghiera, e alle sue spalle san Cristoforo. Le figure di san Sebastiano e san Rocco sono sormontate da cartigli con all’interno alcune righe di testo, non completamente leggibile, che sembra riportare un’invocazione alla Vergine affinché preservi la quadra di Mura dalla peste.
Sulla parete posta a sud, nei quattro scomparti, sono raffigurati sant’Antonio abate, san Rocco, la Vergine in trono e san Vincenzo Ferreri; mentre nei cinque scomparti della parete a nord san Bernardino, la Madonna, sant’Apollonia, nuovamente la Madonna e san Gottardo. Il soffitto della cappella infine è decorato da un vivacissimo tappeto di fiammelle su cui spiccano ghirlande di allora con al centro il monogramma JHS.